Bio-Station

Bio-Stationは日々進歩する生命科学に関する知見を、整理、発信する生物系ポータルサイト、を目指します。

2018-01-01から1年間の記事一覧

紹介できなかった論文たち_2

2018年も最後になってきたので、 今年出た論文で紹介しきれなかったものを簡単に紹介する。 Self-organization of a human organizer by combined Wnt and Nodal signalling, Nature, 2018 1924年にシュペーマンとマンゴールドの実験によって、イモリの初期…

二刀流 in Heart

今年2018年は大谷翔平がメジャーリーグでも二刀流をこなし話題になりましたね。 年の瀬ですが、Scienceにタンパク質も二刀流していたというやつが出ていたので 紹介します。 この論文では、心筋で筋小胞体とT tubeをつなぐ構造タンパク質として知られていたJ…

シングルセルChIP-seq

今回は日本初のテクニックについて紹介しようと思う。 ChIP(クロマチン免疫沈降法)は、 あるタンパク質がゲノム上のどこに張り付いているか調べる方法で、 転写因子の解析やエピジェネティクスの研究でよく使用されている。 具体的な実験としては、以下の図…

翻訳されるnon-coding RNA??

前回紹介したように、(https://jugem.hatenadiary.jp/entry/2018/12/16/145900) 近年non-codingと思われていたRNAから翻訳されていた! という報告がいくつかなされてきた。 今回紹介する論文も感染時に発現する翻訳される"non-coding"RNAを見つけた!、 と…

精子と卵子が出会うとき_2

精子と卵子がお互いを認識しあうタンパク質は受精卵の形成に極めて重要である。 先日紹介したように、https://jugem.hatenadiary.jp/entry/2018/11/27/192536 これまで哺乳類で精子-卵子間相互作用をIzumoとJunoという因子が担うこと報告されてきた。 (Izumo…

端のメチルが役に立つ?

今回は日本人研究者の論文を紹介しようと思います*。 タイトルは完全にプレスリリースのタイトルに引っ張られてます... (プレスリリースのタイトルは"メチルは端だが役に立つ") 少し前の投稿でも解説した通り、 最近新しいRNA修飾としてm6Aが再発見され、そ…

CRISPRの歴史_6

今回はゲノム編集ではなくて、基礎研究のためのCRISPRの応用法を。 先日CellにてでたCRISPR-GOというの(1)を紹介しようと思う。 遺伝子発現は転写因子やクロマチン状態などの要因で制御されることが有名ですね。 しかし近年、遺伝子発現が"遺伝子座が核内の…

CRISPRの歴史_5

今回はCRISPRを治療に使おうという潮流の論文を。 この分野では、 Juan Carlos Izpisua Belmonte (以下ベルモンテ) Lab (ソーク研究所) の成果が目覚ましい。 *ベルモンテは日本人研究者好きで知られている。 Publicationをみても日本人が1stのものも多い。 …

CRISPRの歴史_4

前回xCas9で紹介したDavid Liuの他の仕事について少し。 David Liuさん、これまで存じ上げなかったが、 2017年のNatureが選ぶ10人にも取り上げられるスーパーな研究者らしい。 経歴もなかなかすさまじく、 学部の時はド有機化学でノーベル賞ホルダーのE.J.Co…

CRISPRの歴史_3

今回はCas9の改変体について。 CRISPR-cas9は強力なゲノム編集技術だが、もちろん課題もある。 その一つが、ターゲット配列にかかる制限だ。 Cas9はガイドRNAで標的とした領域すべてを切断できるわけではなく、 標的配列の近傍にPAM(プロトスペーサー隣接モ…

CRISPRの歴史_2

前回、CRISPRの歴史について紹介したが、 Cellに昔出ていた"The Heroes of CRISPR"(Cell, 2015)という総説がかなり良かった。 どういった人々が、どのような経緯で重要な発見に至ったかが記されている。 *オープンアクセスなので誰でも読める。ぜひ。 ちなみ…

CRISPRの歴史

最近ヒトに対してCRISPRでゲノム編集を行ったというニュースが流れた。 (未だ真偽不明だが) 今でこそ、CRISPRは当たり前の技術になりつつあるが、 ゲノム編集のツールとして報告されたのは2012年と新しい。 CRISPRはどのように発見され、開発されてきたのだ…

精子と卵子が出会うとき_1

今回から二回にわけて、精子と卵子が結合するメカニズムについて紹介したい。 私たちの体は37兆個*の細胞からなると考えられていて、 それぞれの細胞が、それぞれの場所で、それぞれの機能を発揮することで恒常性を維持している。 これらのすべての細胞は元…

ヒストンのもつ驚きの機能

DNAを巻き付けているヒストンには銅の還元活性(Cu2+ → Cu1+)があるかも、 という驚きの論文*がでていたので紹介しようと思う。 ヒストンはDNAを巻き付けているタンパク質で、 DNAを核の中にコンパクトに収納するとともに、メチル化などの修飾によって遺伝子…

Ikzf2 (Helios) という因子

Ikzf1(Helios)という聞きなれない遺伝子に関する論文が、 今日のNature*とCell Stem Cell**に報告された。 Natureの方は耳の外有毛細胞の発生に関して、 Cell Stem Cellの方は白血病のがん幹細胞に関してである。 Pubmedで"IKZF1"を検索すると、110件しかヒ…

採用できなかった論文たち_1

比較的最近の論文の中で、このブログで解説しようと思ったが (主に編集者の力不足により)扱いきれなかった論文をまとめて紹介する。 まず、Molecular CellにBack-to-backで出ていた2本の論文。 - Systematic Study of Nucleosome-Displacing Factors in Bud…

レンチウイルスの作成効率を上げる

タイトルそのまま。 レンチウイルスの作成効率を上げる方法を紹介する。 レンチウイルスは目的のプラスミドとウイルスの外殻となるVSVを ウイルス産生用の細胞に導入することで作成される。 ------ 今回の論文では、 このときTaxという遺伝子をコードするプ…

猫も杓子も相分離_2

多くの転写因子はDNA結合ドメイン(DBDs)と活性化ドメイン(ADs)を持つことが知られている。 (下図、一応オレンジ色のまるで囲ってある) これまでDNA結合ドメイン(DBDs)の機能はよく研究されてきたが、 ADの遺伝子発現への機能はあまりよく分かっていない。 **…

同性のマウスから子供を作る_2

前回紹介した通り、同性での生殖を可能にする試みは長い間行われてきた。 今回紹介する論文では、 メス同士から子供を作る効率を上げるとともに、 はじめてオス同士のマウスから子供を作ることに成功した。 ----- メス同士から子供を作るにあたって、筆者ら…

同性のマウスから子供を作る_1

次世代を作るという行為は生物を生物たらしめるために極めて重要である。 多くの生物は性別を持ち、次世代を作る際に遺伝子を混ぜることで、 害となる遺伝子を除くなどの利点を得ている。 一方で、同性での生殖が許されないと、 生殖の機会が減少するため生…

猫も杓子も相分離 (Phase separation)

細胞内には膜を持たない細胞内小器官が存在する。(membrane less organelles) (ストレス顆粒とか、核小体とか) 近年、これらの形成機構として相分離(Phase separation)という概念が提唱されている。流行ですな。 相分離を起こすと、これらの細胞内構造物を構…

父親からのエピジェネティクス継承はほとんどない?

個体の多くの形質は、遺伝的なDNA情報によって説明されると考えられてきた。 しかし、生命科学研究の進歩によって、ヒストン修飾やDNA修飾など、 DNAの塩基配列変化を伴わない形質伝播が存在することが分かってきた。 (いわゆるエピジェネティックスというや…

新しいロドプシン

近年、光遺伝学(オプトジェネティクス)というものが開発され、神経科学を中心に強力な研究ツールになっている。 光遺伝学は、光に応答するイオンチャネルを神経細胞に発現させておくことで、 光をON/OFFすることで、好きな場所の神経を、好きな時に活動させ…

学習/記憶に重要なRNA修飾

mRNAは転写されたのちに様々な修飾を受けることが知られている。 例えば、5末端でのキャッピングや、3末端のテーリングはRNAの成熟に必須である。 近年でもシトシン5位のメチル化(5mC)や、擬ウリジン化などいくつかの新しいRNA修飾が報告されている。 さらに…

リン酸化しないリン酸化酵素もどきの機能

細胞内でのシグナルを伝達手段として、数多くの翻訳後修飾があげられる。 なかでも、リン酸化は細胞増殖や細胞生存などで必須の役割を果たすことが知られている。 * これらのリン酸化を行う酵素はキナーゼ(リン酸化酵素の総称)と呼ばれる。 これらキナーゼ…

Error in gzfile(file, "wb") : cannot open the connection

図のplotでのエラー Error in gzfile(file, "wb") : cannot open the connection ----- なんかアカウント名が日本語なのが良くないらしい 前後に pdf(data,"name.txt",...) plot... dev.off() とつけるとうまくいった。 ------ アカウント名は英語に使用...

ニューロンへのリプログラミングの道_4 (低分子化合物で)

これまで3回にわたって、 遺伝子導入によって線維芽細胞をニューロンに系譜転換する方法とそのメカニズムを紹介してきた。 今回は、遺伝子導入ではなく、低分子化合物でこのような系譜転換を行う例を紹介する。 ----- 遺伝子導入による系譜転換は、 - ウイル…

ニューロンへのリプログラミングの道_3 (Brn2, Ascl1, Myt1l)

これまで2回にわたって、Brn2,Ascl1,Myt1l (BAM因子)の過剰発現で線維芽細胞をニューロンに系譜転換できること、 そして、Ascl1とBrn2の働くメカニズムを紹介してきた。 今回はこのBAM因子の中で最も謎に包まれたMyt1lについて紹介する。 ----- Myt1lはmyeli…

ニューロンへのリプログラミングの道_2 (Brn2, Ascl1, Myt1l)

前回、Brn2,Ascl1,Myt1lの3つの遺伝子(頭文字をとってBAM因子)の強制発現だけで、 線維芽細胞をニューロンに系譜変換できることを紹介した。 ニューロンへのリプログラミングの道_1 (Brn2, Ascl1, Myt1l) - Jugem’s blog では、これらの3つの遺伝子はどのよ…

ニューロンへのリプログラミングの道_1 (Brn2, Ascl1, Myt1l)

私たちの体を構成する多くの分化細胞(皮膚細胞、神経細胞、血球、などなど)は、 発生の段階で、より未分化性の高い細胞から生み出される。 その様子はまるで球が坂を下り落ちるような状態にたとえられ、 坂を上るように細胞の状態が変化することはほとんどな…