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エラー;Saw ASCII character 10 but expected 33-based Phred qual.

今回は管理人が困ったトラブルの解決法

 

~seqのマッピングで困ったことが起きた。

 

fastqをトリミングする前はちゃんとマッピングされる(bowtie)のに、トリミングするとなんだか下のようななエラーが出てしまうというもの。。

Saw ASCII character 10 but expected 33-based Phred qual.

ググってみるとちゃんとダウンロードできているか?とか書いてあるが、トリミング前は問題なく走るのでそこではないだろう。

で、色々調べていると、

トリミングで0bpのリードが出てきてしまうのが原因らしい。

 

そういうわけで

cutadaptのオプション、-mで1bp以上のリードだけとってくればよかったらしい。
(実際これで解決する)

 

とくにウェット系の人だと同じようなことで困る人も多いかもしれないので、今後もぼちぼち管理人がつまづいたエラーをあげていこうかな。。