エラー: Faceting variables must have at least one value

monocleによるpseutdotimeに沿った遺伝子発現のクラスタリングを行っているのだが、

 

最後のクラスターの表示のところで、

plot_clusters(HSMM_filtered, clusters)

とすると、

 

エラー: Faceting variables must have at least one value

 

といわれてしまう。

 

何が悪いかはパッとわからない...

 

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なぜか他のPCのR studioでは動いたので違いを見てみると、

 

どうやらこの直前の操作

(自分の場合、expression_curve_matrix <- responseMatrix(full_model_fits))

 

で行のデータが失われたらしい。

 

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ならばと思い、expression_curve_matrixをwrite.tableして手動で行を記入したが動かず。

 

結局、行を取り出して(cellname.txt)

 

cellname  <- read.table("cellname.txt", sep="\t")

colnamelist<-NULL

 

for(i in 1:ncol(cellname)){

  colnamelist<-cbind(colnamelist,as.character(cellname[1,i]))

}

 

colnames(expression_curve_matrix)<-colnamelist

 

とするとうまく通った。

 

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なぜresponseMatrixで行データが失われたか不明。

 

うまくいくPCもあるので環境に依存するのだろうか。